La maladie professionnelle du contractuel

Mise à jour du 15/10/2026

De quoi s’agit-il ? 

La maladie professionnelle est une pathologie contractée du fait de l'exercice de l'activité professionnelle. Elle est généralement reconnue si elle figure dans les tableaux du régime général de la Sécurité sociale (voir plus loin), ou si un lien direct et essentiel entre le travail et la maladie est établi par une expertise médicale.

À noter : il arrive qu’une maladie soit soumise au régime des accidents de service, lorsque la cause initiale réside dans un accident, c’est-à-dire un fait violent et soudain. Il s’agit, par exemple, du cas d’une piqure d’insecte ou d’une aiguille de seringue infectée qui provoque une infection, et ainsi une maladie.

Qui est concerné et qui peut en bénéficier ? 

Tous les agents contractuels de droit public de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), quel que soit leur temps de travail (temps complet, incomplet ou non-complet).

Le bénéficiaire est :

• Soit l'agent lui-même pour les soins et le maintien de sa rémunération ;

• Soit ses ayants droit dans le cas du décès.

Quelles sont les principales caractéristiques ? 

Elles sont principalement procédurales. En effet, la différence essentielle avec le régime des fonctionnaires (voir à ce sujet la fiche qui lui est consacrée) est triple :

1. C’est la caisse primaire de l‘assurance maladie (CPAM) qui est compétente pour instruire le dossier et non l’administration ;

2. Si la maladie n’est pas inscrite sur un des tableaux figurant à l’annexe II du Code de la sécurité sociale, ou que les conditions du tableau ne sont pas respectées, alors l’avis est rendu, non pas par le conseil médical, mais par le comité régional de reconnaissance des maladies professionnelles (C2RMP) ;

3. L’avis du C2RMP s’impose à la CPAM, alors que l’avis du conseil médical ne s’impose pas à l’employeur public.

De sorte, le conseil médical n’intervient que dans de rares cas s’agissant des contractuels.

Quelles sont les modalités de prise en charge ? 

L'administration prend en charge l'intégralité des frais médicaux liés à la maladie (consultations, pharmacie, hospitalisation, rééducation) sur la base des tarifs de la Sécurité sociale. L'agent bénéficie du tiers payant ou du remboursement à 100 %, mais il appartient à l’administration de rembourser les dépassements d’honoraires, sous réserve toutefois que l’agent ait été contraint d’y recourir en conséquence de l’offre de soins qui l’y oblige.

Quelles conditions à remplir ? 

Il convient de distinguer le cas où la maladie est inscrite à un tableau figurant à l’annexe II du Code de la Sécurité Sociale, du cas où elle n’y figure pas ou que les conditions prescrites par le tableau ne sont pas remplies.

Dans le 2nd cas, elle doit être causée par le travail et entraîner une incapacité permanente d'au moins 25 %. Le C2RMP doit alors être saisi pour avis sur l'imputabilité au service. Cet avis est un avis conforme obligatoire.

Quel montant d’indemnisation et pour combien de temps ? 

L'agent perçoit son plein traitement, soit son salaire et, éventuellement, l’indemnité de résidence, ainsi que le supplément familial de traitement s’il y a droit.

Les primes et indemnités peuvent être maintenues selon les règles établies par l’employeur pour les fonctionnaires.

L’indemnisation commence le 1er jour de l'arrêt de travail ou la date du diagnostic médical.

Elle est maintenue jusqu'à la guérison complète, ou jusqu’à la consolidation, c’est-à-dire le moment où la maladie n’est plus considérée comme évolutive.

Mais cette durée d’indemnisation dépend de l’ancienneté de l’agent soit :

• Pendant 1 mois dès son entrée en fonctions ;

• Pendant 2 mois après 1 an de services ;

• Pendant 3 mois après 3 ans de services.

L’agent perçoit ensuite une indemnisation par la CPAM.

Quelles formalités à remplir et auprès de quel organisme ? 

Un délai de 2 ans court à compter du jour où l'agent est informé par un certificat médical du lien possible entre sa maladie et son activité professionnelle. L'agent doit adresser la déclaration de maladie professionnelle à la CPAM dans un délai de 15 jours à compter de l’arrêt maladie.

La déclaration prend la forme du certificat médical initial, et d’un formulaire spécifique précisant la nature de la maladie et le lien avec l’activité professionnelle.

Il doit également impérativement informer son employeur (transmission de l’arrêt maladie dans les 48 heures).

Quelles conditions de réemploi à l'issue de la maladie ? 

À l'issue du congé, l'agent est réemployé sur son poste ou un poste équivalent.

Toutefois, il convient de prendre en considération une éventuelle incapacité permanente ou temporaire partielle qui nécessitera, soit une adaptation du poste, soit le reclassement de l’agent, y compris dans un autre corps ou cadre d’emplois.

L’administration a l’obligation de reclasser l’agent, dans la limite de la durée du contrat.

Quelles conséquences sur la carrière ? 

Le temps passé en congés pour maladie professionnelle est considéré comme du service effectif.

Éventuellement, en cas d’invalidité permanente et totale, l’agent peut être licencié.

Quels sont les droits de l’agent ? 

L’agent dont la maladie professionnelle est reconnue a droit à la gratuité des soins et au maintien du salaire intégral (voir précédemment).

Il peut, en fonction du taux d’incapacité technique, bénéficier d’une rente, ou d’une indemnité en cas d'incapacité permanente (IPP).

Le contrat ne peut être rompu du seul fait de la maladie professionnelle.

Sous réserve d’avoir obtenu l’avis favorable du médecin agréé, le contractuel peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’employeur se prononce dans un délai de 30 jours.

À noter : à compter du 1er janvier 2028, dans la FPE et dans la FPT, au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut saisir le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation. Le contractuel est assisté durant cette phase par une personne de son choix.

Quelles sont les obligations de l’agent ? 

Un contrôle du médecin agréé peut être effectué à tout moment. Le contractuel se soumet à ce contrôle sous peine d’interruption du versement de sa rémunération. L’examen médical du contractuel peut être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication.

Par ailleurs, l’employeur peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail du contractuel par toute personne dûment habilitée à cet effet. Ce contrôle porte sur la présence du contractuel à son domicile, ou son lieu de repos s’il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire.

L’absence injustifiée du contractuel ou le refus du contrôle entraine l’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à la date de cet arrêt.

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Il doit informer l'employeur de tout changement d'état.

Textes

CGFP : articles L822-20, L822-21, L822-24, L826-1 à L826-3 ; cette législation du CGFP applicable aux fonctionnaires est étendue aux contractuels en vertu d’un principe général du droit, au motif qu’elle s’inspire du droit du travail des salariés (arrêt CE du 02 10.2002, n°227868) ;

Code de la Sécurité sociale : articles L 431-1, L431-2, L434-2, L461-1, L461-2, L461-5, R461-3, D461-27 et annexe II ;

Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'Etat : articles 14, 14-1, 17 et 18 ;

Décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale : articles 9, 9-2, 12 et 13 ;

Décret n° 91-155 du 6 février 1991 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière : articles 12, 12-1 et 16.