Le congé maladie du fonctionnaire dans la FPE
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Le congé maladie du fonctionnaire dans la FPE
Cette fiche, rédigée par le pôle juridique de la CFDT Fonction publique, reprend les dispositions concernant le congé maladie du fonctionnaire dans la Fonction publique de l’État. De quoi s’agit-il ? Quelles conditions ? Quelle durée ? Quelle rémunération ? Quel contrôle ?
Mise à jour du 13/10/2026
De quoi s’agit-il ?
Le fonctionnaire en activité (voir la fiche consacrée à cette position) est mis de droit en congé de maladie lorsque la maladie qu'il présente est dûment constatée, et le met dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions.
Qui est concerné ?
L’ensemble des fonctionnaires de la fonction publique de l’État.
Quelles conditions d’octroi ?
Le fonctionnaire demandant le bénéfice ou le renouvellement de ce congé est tenu de se soumettre à des obligations en vue de l'octroi ou du maintien de son congé, sous peine de voir réduire ou supprimer le traitement qui lui avait été conservé, notamment, la transmission à son administration de l'avis d'arrêt de travail justifiant du bien-fondé du congé. Cette dernière doit intervenir dans un délai de 48 heures suivant l’établissement de l’avis d'interruption de travail. Cet avis indique, d'après les prescriptions d'un médecin, d'un chirurgien-dentiste ou d'une sage-femme, la durée de l’incapacité de travail qui ne peut être supérieure à 31 jours pour une 1re prescription, et 62 jours pour une prolongation, sauf nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du fonctionnaire, et des éventuelles recommandations de la Haute Autorité de Santé. L’avis est un formulaire homologué qui peut être dématérialisé.
À noter : en cas de prolongation de l’avis d’arrêt de travail initial, la rémunération n’est maintenue que si la prolongation provient du prescripteur de l’arrêt initial.
En cas d'envoi de l'avis d'interruption de travail au-delà de ce délai, l'administration informe par courrier le fonctionnaire du retard constaté et de la réduction de la rémunération à laquelle il s'expose en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant l'établissement du 1er arrêt de travail considéré.
En cas de nouvel envoi tardif dans ce même délai, le montant de la rémunération afférente à la période écoulée, entre la date d'établissement de l'avis d'interruption de travail, et la date d'envoi de celui-ci à l'administration, est réduit de moitié. Cette rémunération à prendre en compte comprend le traitement indiciaire brut, ainsi que les primes et indemnités perçues par l'agent, à l'exception :
Des primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
Des primes et indemnités liées au changement de résidence, à la primo-affectation, à la mobilité géographique et aux restructurations ;
Des primes et indemnités liées à l'organisation du travail ;
Des avantages en nature ;
Des indemnités d'enseignement ou de jury, ainsi que les autres indemnités non directement liées à l'emploi ;
De la part ou de l'intégralité des primes et indemnités dont la modulation est fonction des résultats et de la manière de servir ;
Des versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique ;
Du supplément familial de traitement (SFT) ;
De l’indemnité de résidence ;
De la prise en charge partielle du prix des titres d'abonnement correspondant aux déplacements effectués par les agents publics entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail.
À noter : cette réduction de la rémunération n'est pas appliquée si le fonctionnaire justifie d'une hospitalisation ou, dans un délai de 8 jours suivant l'établissement de l'avis d'interruption de travail, de l'impossibilité d'envoyer cet avis en temps utile.
Quelle durée ?
La durée totale des congés peut atteindre 1 an pendant une période de 12 mois consécutifs.
Quelle rémunération pendant le congé ?
Le fonctionnaire perçoit, pendant 3 mois, 90 % de son traitement, et pendant les 9 autres mois, la moitié. L’éventuelle nouvelle bonification indiciaire (NBI) est perçue dans les mêmes proportions que le traitement. Il conserve, en outre, ses droits à la totalité du SFT et de l'indemnité de résidence. Ce maintien ne s’applique qu’à compter du 2e jour de maladie, le fonctionnaire étant astreint au jour de carence (voir à son sujet la fiche qui lui est consacrée).
À noter : dans un arrêt n° 459472 du 3 juillet 2023, le Conseil d’État précise que : « […] un agent faisant l'objet d'une exclusion temporaire de fonctions étant privé de rémunération pendant la durée de cette exclusion, il ne saurait, pendant cette période, bénéficier d'un maintien de sa rémunération à raison de son placement en congé de maladie. ».
Par ailleurs, le bénéfice des primes et indemnités versées au fonctionnaire est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement. Les dispositions des régimes indemnitaires, qui prévoient leur modulation en fonction des résultats et de la manière de servir de l'agent, demeurent également applicables. Il en est de même des dispositions qui prévoient, pour certains régimes indemnitaires spécifiques rétribuant des sujétions particulières, leur suspension, à compter du remplacement de l'agent dans ses fonctions.
Toutefois, l’agent ne peut, durant son congé, acquérir de nouveaux droits au titre des primes et indemnités non forfaitaires qui ont le caractère de remboursement de frais, et au titre des primes non forfaitaires qui sont liées à l'organisation et au dépassement du cycle de travail.
La prise en charge partielle des titres de transport est suspendue pendant son congé. Toutefois, la prise en charge est maintenue jusqu'à la fin du mois au cours duquel débute le congé. Lorsque la reprise du service, à la suite de ce congé, a lieu au cours d'un mois ultérieur, la prise en charge est effectuée pour ce mois entier.
À noter : lorsque la maladie mettant le fonctionnaire dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions résulte de blessures ou de maladie contractées ou aggravées, soit en accomplissant un acte de dévouement dans un intérêt public, soit en exposant ses jours pour sauver la vie d'une ou plusieurs personnes, le fonctionnaire conserve l'intégralité de son traitement jusqu'à ce qu'il soit en état de reprendre son service, ou jusqu'à sa mise en retraite. L'intéressé a droit, en outre, au remboursement des honoraires médicaux et des frais directement entraînés par sa maladie ou l'accident.
Enfin, comme pour le congé de longue maladie ou de longue durée, le versement de la rémunération du fonctionnaire peut être interrompu, s’il ne cesse pas tout travail rémunéré durant son congé de maladie.
Quel contrôle peut pratiquer l’employeur ?
L'administration peut faire procéder, à tout moment, à l'examen du demandeur par un médecin agréé. Elle fait procéder à cet examen au moins une fois après un congé de 6 mois consécutifs. Le fonctionnaire se soumet à cet examen, sous peine d'interruption du versement de sa rémunération. Le conseil médical compétent peut être saisi, soit par l'administration, soit par l'intéressé, des conclusions du médecin agréé.
À noter : l’examen médical du fonctionnaire bénéficiant d’un congé de maladie peut être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication.
Par ailleurs, l’administration peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail du fonctionnaire placé en congé de maladie, par toute personne dûment habilitée à cet effet. Ce contrôle porte sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s’il est différent , lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ou durant les heures de présence obligatoire. L’absence injustifiée du fonctionnaire ou le refus du contrôle entraine l’interruption de sa rémunération jusqu’à la date de fin de cet arrêt. Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.
Quels sont les droits du fonctionnaire ?
Sous réserve d’avoir obtenu l’avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d’un congé de maladie, peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’autorité compétente se prononce sur cette demande dans un délai de 30 jours.
À compter du 1er janvier 2028, au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut saisir le médecin du travail pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail, ou envisager des actions de formation. Le fonctionnaire est assisté durant cette phase par une personne de son choix.
Quelles conséquences pour la carrière ?
La période pendant laquelle l'agent public bénéficie du congé ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle du travail. Elle est valable pour l'avancement à l'ancienneté, et entre en ligne de compte dans le minimum de temps valable pour pouvoir prétendre au grade supérieur. Elle compte également pour la détermination du droit à la retraite, et donne lieu aux retenues pour constitution de pension civile.
À noter : à sa demande, et sous réserve d'un avis médical favorable, le fonctionnaire peut bénéficier d'une formation ou d'un bilan de compétences, ou pratiquer une activité durant son congé, en vue de sa réadaptation ou de sa reconversion professionnelle.
Quelle situation à l’expiration du congé ?
Lorsque le fonctionnaire a obtenu des congés maladie de 12 mois consécutifs il ne peut, à l'expiration de sa dernière période de congé, reprendre son service sans l'avis favorable du conseil médical.
En cas d'avis défavorable, s'il ne bénéficie pas de la période de préparation au reclassement (voir à ce sujet la fiche sur le reclassement du fonctionnaire inapte à l’exercice de ses fonctions), il est :
- Soit, mis en disponibilité ;
- Soit, reclassé dans un autre emploi ;
- Soit, s'il est reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, admis à la retraite après avis d'un conseil médical.
Pendant toute la durée de la procédure requérant l'avis du conseil médical, le fonctionnaire est placé, à titre provisoire, dans la position de disponibilité pour raison de santé. Il perçoit une indemnité égale au montant du traitement et, le cas échéant, des primes et indemnités qu'il percevait à l'expiration de son congé. Cette indemnité est versée au fonctionnaire jusqu'à la date de la décision de reprise de service, de reclassement, de mise en disponibilité, ou d'admission à la retraite.
À noter : lorsque le fonctionnaire, qui a sollicité un congé de longue maladie ou de longue durée, a épuisé ses droits à congé de maladie ordinaire, il continue de bénéficier de cette position et de cette indemnité, jusqu’à la date de la décision de reprise de service, ou le placement en congé de longue maladie ou de longue durée.
Lorsque l'instruction de son dossier par le conseil médical nécessite l'expertise d'un médecin agréé, le fonctionnaire doit se soumettre, sous peine d'interruption du versement de cette indemnité, à cet examen.
Cette indemnité reste acquise au fonctionnaire placé en disponibilité à l'issue de la procédure requérant l'avis du conseil médical. La part de cette indemnité excédant le montant de la rémunération du fonctionnaire admis à reprendre son service, reclassé, ou placé en congé de longue maladie ou de longue durée, ou celui de la pension du fonctionnaire admis à la retraite, reste également acquise à l'agent.
Le fonctionnaire qui, à l'expiration de son congé, refuse sans motif valable lié à son état de santé, le ou les postes qui lui sont proposés, peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire.
Textes
CSS : articles L162-4-1, L162-4-4, R162-1-7-1, R321-2 et R323-11-1 ;
CGFP : articles L115-2, 115-3, L822-1 à 5, L822-27 à 30 et R263-2, 2°, c) ;
Décret n°86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l'organisation des conseils médicaux, aux conditions d'aptitude physique pour l'admission aux emplois publics et au régime de congés de maladie des fonctionnaires : articles 24, 25, 27, 36-1, 38, 40, 41-1, 41-2, 44-1 et 48 ;
Décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'Etat et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés : article 1 ;
Décret n° 2010-676 du 21 juin 2010 instituant une prise en charge partielle du prix des titres d'abonnement correspondant aux déplacements effectués par les agents publics entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail : article 6 ;
Décret n°93-522 du 26 mars 1993 relatif aux conditions de mise en œuvre de la nouvelle bonification indiciaire dans la fonction publique de l'État : article 2 ;