Le congé de maladie du contractuel de l'État
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Le congé de maladie du contractuel de l'État
Cette fiche, rédigée par le pôle juridique de la CFDT Fonction publique, reprend les dispositions concernant le congé de maladie du contractuel dans la Fonction publique de l’État. De quoi s’agit-il ? Quelles conditions ? Quelle durée ? Quelle rémunération ? Quel contrôle ?
Mise à jour du 13/10/2026
De quoi s’agit-il ?
L'agent contractuel de la Fonction publique de l’État en activité bénéficie, après 4 mois de services, de congés de maladie.
À noter : la durée de services requise de 4 mois, pour avoir droit au congé de maladie rémunéré, est calculée, en tenant compte de l'ensemble des services effectués en qualité d’agent public dans la Fonction publique (État, territoriale ou hospitalière). En cas d'interruption de fonctions, les services sont pris en compte, si l'interruption n'a pas dépassé 4 mois.
Qui est concerné ?
L’ensemble des contractuels de la Fonction publique de l’État.
Quelles conditions d’octroi ?
Le contractuel doit présenter un certificat médical dans un délai de 48h suivant son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. L’incapacité de travail ne peut être supérieur à 31 jours pour une 1re prescription, sauf nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du contractuel, et des éventuelles recommandations de la Haute Autorité de Santé. Le certificat médical est un formulaire homologué qui peut être dématérialisé.
À noter : en cas de prolongation de l’avis d’arrêt de travail initial, la rémunération n’est maintenue que si la prolongation provient du prescripteur de l’arrêt initial.
Quelle durée ?
La durée de ces congés peut s'étendre pendant une période de 12 mois consécutifs si son utilisation est continue, ou au cours d'une période comprenant 300 jours de services effectifs si son utilisation est discontinue.
Quelle rémunération pendant le congé ?
Le contractuel en congé de maladie perçoit :
1° Au cours des 3 premiers mois : 90 % de son traitement ;
2° Au cours des 9 mois suivants : la moitié de celui-ci.
Ce maintien ne s’applique qu’à compter du 2e jour de maladie, le contractuel étant astreint, au même titre que le fonctionnaire, au jour de carence (voir à son sujet la fiche qui lui est consacrée).
À noter : actuellement, l’agent doit communiquer à son employeur le montant des indemnités journalières (IJ) allouées par les caisses de sécurité sociale. L'administration peut suspendre le versement du traitement jusqu'à la transmission des informations demandées. Lorsque l’arrêt de travail n’est pas transmis à la caisse primaire d’assurance maladie, les IJ servies par le régime général sont diminuées et le traitement prévu est alors réduit de la diminution pratiquée.
Mais, au plus tard le 31 décembre 2028, l’agent percevra obligatoirement son traitement directement par l’administration, et non plus les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, ce qui évitera ainsi les doubles versements et la récupération du trop-perçu par l’agent. C’est le mécanisme de la subrogation, à savoir que l'administration est subrogée au contractuel dans les droits de celui-ci aux IJ qui lui sont dues en matière de maladie lorsque la rémunération maintenue durant les congés maladie est au moins égale au montant des IJ. À charge pour l’administration de réclamer à la Sécurité sociale le remboursement des IJ, à la place de l’agent.
Par ailleurs, le bénéfice des primes et indemnités versées au contractuel est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement. Les dispositions des régimes indemnitaires, qui prévoient leur modulation en fonction des résultats et de la manière de servir de l'agent, demeurent également applicables. Il en est de même des dispositions qui prévoient, pour certains régimes indemnitaires spécifiques rétribuant des sujétions particulières, leur suspension, à compter du remplacement de l'agent dans ses fonctions.
Toutefois, l’agent ne peut, durant son congé, acquérir de nouveaux droits au titre des primes et indemnités non forfaitaires qui ont le caractère de remboursement de frais, et au titre des primes non forfaitaires qui sont liées à l'organisation et au dépassement du cycle de travail.
La prise en charge partielle des titres de transport est suspendue pendant son congé. Toutefois, la prise en charge est maintenue jusqu'à la fin du mois au cours duquel débute le congé. Lorsque la reprise du service, à la suite de ce congé, a lieu au cours d'un mois ultérieur, la prise en charge est effectuée pour ce mois entier.
À noter : il convient aussi de savoir :
- D’une part, que le contractuel qui bénéficie d'un congé de maladie, pendant une période où il a été autorisé à assurer un service à temps partiel, perçoit une fraction des émoluments auxquels il aurait eu droit s'il travaillait à temps plein.
- D’autre part, que, en cas de licenciement, lorsque le dernier traitement du contractuel est réduit en raison d'un congé de maladie, le traitement servant de base au calcul de l'indemnité de licenciement est sa dernière rémunération à plein traitement.
Quel contrôle peut pratiquer l’employeur ?
Un contrôle du médecin agréé peut être effectué à tout moment. Le contractuel doit s’y soumettre sous peine d’interruption du versement de sa rémunération. Si les conclusions du médecin agréé donnent lieu à contestation dans le cas du congé de maladie, le conseil médical peut être saisi. Mais cette saisine ne proroge pas la durée du contrat à durée déterminée.
À noter : l’examen médical du contractuel bénéficiant d’un congé de maladie peut être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication.
Par ailleurs, l’administration peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail du contractuel placé en congé de maladie par toute personne dûment habilitée à cet effet. Ce contrôle porte sur la présence du contractuel à son domicile, ou à son lieu de repos s’il est différent , lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ou durant les heures de présence obligatoire. L’absence injustifiée du contractuel ou le refus du contrôle entraine l’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à la date de fin de cet arrêt. Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.
Quels sont les droits du contractuel ?
À compter du 1er janvier 2028, au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut saisir le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation. Le contractuel est assisté durant cette phase par une personne de son choix.
Sous réserve d’avoir obtenu l’avis favorable du médecin agréé, le contractuel bénéficiant d’un congé de maladie peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’autorité compétente se prononce sur cette demande dans un délai de 30 jours.
Quelles conséquences pour le contrat ?
La période pendant laquelle l'agent public bénéficie d'un congé pour raison de santé ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle du travail.
La durée du congé est prise en compte pour la détermination de l'ancienneté ou de la durée de services effectifs exigées :
- pour le réexamen ou l'évolution des conditions de rémunération ;
- pour l'ouverture des droits liés à la formation ;
- pour le recrutement par la voie des concours internes, lorsque ceux-ci sont ouverts aux agents contractuels par les statuts particuliers ;
- et pour la détermination du classement d'échelon des lauréats des différentes voies de concours dans les corps et cadres d'emplois de fonctionnaires.
À noter : le congé est aussi pris en compte pour la détermination de la durée de services requise pour l'ouverture des différents droits à congés et au travail à temps partiel.
Quelle situation à l’expiration du congé ?
3 situations peuvent se présenter :
- Le contractuel physiquement apte à reprendre son service à l'issue d'un congé de maladie est réemployé sur son emploi ou occupation précédente dans la mesure permise par le service. Dans le cas contraire, il dispose d'une priorité pour être réemployé sur un emploi ou occupation similaire assorti d'une rémunération équivalente.
- Le contractuel temporairement inapte pour raison de santé à reprendre son service à l'issue d'un congé de maladie est placé en congé sans rémunération (voir la fiche consacrée aux congés pour raison de santé du contractuel de l’État où le congé sans rémunération pour maladie y est déjà développé) pour une durée maximum d'1 an. Cette durée peut être prolongée de 6 mois s'il résulte d'un avis médical que l'agent sera susceptible de reprendre ses fonctions à l'issue de cette période complémentaire.
- Lorsqu'il a été médicalement constaté par le médecin agréé que l’agent se trouve, de manière définitive, atteint d'une inaptitude physique à occuper son emploi, le licenciement pour inaptitude physique peut être prononcé (voir à son sujet la fiche qui lui est consacrée), mais uniquement lorsque son reclassement dans un emploi que le code général de la fonction publique autorise à pourvoir par un agent contractuel, et dans le respect des dispositions légales régissant le recrutement d’un tel agent, n'est pas possible.
À noter : l’administration doit informer la commission consultative paritaire des motifs qui empêchent le reclassement du contractuel à l’issue du congé de maladie, et donc pour lequel un licenciement pour inaptitude physique est envisagé.
Textes
CSS : articles L162-4-1, L162-4-4, R162-1-7-1, R321-2 et R323-11-1 ;
CGFP : articles L822-27, L822-28, L829-1 et R271-14 ;
Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'État : articles 2, 12, 14-1,17, 18, 28, 31-1, 32, 40 et 53 ;
Décret n° 2010-997 du 26 août 2010 relatif au régime de maintien des primes et indemnités des agents publics de l'État et des magistrats de l'ordre judiciaire dans certaines situations de congés 997 : article 1 ;
Décret n° 2010-676 du 21 juin 2010 instituant une prise en charge partielle du prix des titres d'abonnement correspondant aux déplacements effectués par les agents publics entre leur résidence habituelle et leur lieu de travail : article 6 ;