Congés pour raisons de santé : décryptage du décret du 29 juillet 2026

Le décret publié au Journal officiel du 31 juillet 2026 s’applique aux fonctionnaires, contractuels des trois versants de la fonction publique ainsi qu’aux ouvriers de l’État. Il porte à la fois sur le temps partiel thérapeutique et sur les congés pour raisons de santé proprement dits.

Encore plus de contraintes pour les agents malades !

Après le jour de carence et la baisse de la rémunération à 90 % en congé maladie ordinaire, le gouvernement poursuit sa logique d'économies au détriment des agents malades.

Ce décret a été unanimement rejeté par les organisations syndicales.

La CFDT a toutefois obtenu plusieurs corrections dans le texte.

Ce qui change au 1er août 2026 : le temps partiel thérapeutique (TPT)

Pour mémoire, le TPT permet à un agent de reprendre ou poursuivre son activité à temps partiel sur prescription médicale afin de favoriser le maintien ou le retour à l'emploi.

Les règles de fond restent inchangées : quotités de travail, rémunération, durée maximale d'un an.

Un accès plus contraint

L'administration dispose désormais d'un délai pour répondre à une demande de TPT, y compris en cas de renouvellement :

• jusqu'à 30 jours pour les agents en activité ou en congé maladie ordinaire (CMO) ;

• au plus tard le jour de la reprise pour les autres congés de santé.

L'administration ne peut toutefois pas refuser un TPT sans :

• un entretien préalable ;

• une motivation du refus liée aux nécessités de service ;

• la possibilité pour l'agent d'être accompagné par la personne de son choix.

Par ailleurs, aucun refus pour motif médical ne peut être prononcé sans l'avis préalable d'un médecin agréé.

Lorsque l'agent bénéficie déjà d'un TPT, celui-ci est maintenu pendant l'examen d'un recours devant le conseil médical en formation restreinte.

Le TPT pourra être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire. Des contrôles médicaux sont possibles à tout moment.

Ce qui change au 1er septembre : le congés pour raisons de santé

Le décret transpose aux agents publics plusieurs dispositions issues de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 applicables au secteur privé.

Il s’applique pour tous les congés pour raisons de santé.

Des contrôles renforcés

De nouvelles mesures visent à renforcer le contrôle des arrêts de travail :

• utilisation obligatoire d'un formulaire Cerfa sécurisé ;

• durée de l'arrêt initial limitée à un mois ;

• durée de prolongation limitée à deux  mois, avec possibilité de dérogation médicale pouvant aller jusqu'à six  mois ;

• développement des contrôles administratifs au domicile par des agents habilités ;

• déploiement du télécontrôle médical.

Un risque de suspension de la rémunération

La rémunération pourra être suspendue notamment en cas :

• de prolongation de l'arrêt prescrite par un autre praticien que le prescripteur initial, (sauf indisponibilité de ce prescripteur ou impossibilité d’y recourir) ;

• d'absence injustifiée lors d'un contrôle effectué au domicile pendant les plages horaires indiqués sur la prescription médicale ;

• d'exercice d'une activité rémunérée ;

• de refus de se soumettre à un contrôle.

Mieux préparer la reprise d'activité

Pour tout arrêt de travail supérieur à 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra saisir le médecin du travail afin d'anticiper le retour à l'emploi et étudier :

• les modalités et aménagements de la reprise ;

• les besoins en formation ou reconversion ;

L'agent pourra être assisté par la personne de son choix.

Pour les autres congés de santé, possibilité de commencer ou de poursuivre une formation durant un congé pour raisons de santé, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé. 

L'administration devra répondre dans un délai de 30 jours.

Le conseil médical moins souvent consulté

Le conseil médical en formation restreinte ne sera plus saisi pour les renouvellements de congé de longue maladie (CLM) ou de congé de longue durée (CLD) après épuisement de la période à plein traitement.

Par ailleurs, le Conseil médical supérieur ne pourra plus être saisi lorsque l'avis du conseil médical en formation restreinte est conforme à celui du médecin agréé.

Création d'une indemnité d'attente dans la fonction publique de l'État

Après épuisement de leurs droits à CMO, les agents pourront percevoir une indemnité à titre transitoire dans l'attente de la décision statuant sur leur demande de CLM ou de CLD.

Maintien des majorations et indexations liées à une affectation outre-mer en première année de CLM ou de CLD.

Ce que la CFDT a obtenu

Le droit pour l'agent d'être accompagné par la personne de son choix lors des entretiens.

La suppression du contrôle médical systématique lors du dépôt d'une demande de TPT

Ce décret intervient dans un contexte marqué par :

• la hausse des situations d'usure professionnelle ;

• le vieillissement des effectifs et l'allongement des carrières ;

• l'augmentation du nombre d'agents confrontés à des restrictions d'aptitude ;

• la hausse des agents souffrant de pathologies chroniques et invalidantes ;

• la nécessité de renforcer les politiques de prévention primaire, de maintien dans l'emploi et de reconnaissance du travail réalisé au service de l'intérêt général etc.

Aussi, la CFDT restera vigilante à la protection de la santé des agents publics :

Les objectifs de réduction de la durée des congés pour raison de santé ne doivent pas conduire à restreindre les droits des agents.

Les conseils médicaux doivent continuer à rendre leurs avis sur la seule base de l'état de santé des agents et du respect de leurs droits statutaires, notamment en matière d'accès aux CLM/CLD, tels que définis par les dispositions réglementaires et les listes de pathologies ouvrant droit à ces congés. Ces avis ne sauraient être influencés par des objectifs de gestion, de maîtrise budgétaire ou de réduction des durées d'arrêt de travail.

Le délai maximal de 30 jours prévu pour statuer sur une demande de TPT ne doit pas conduire à un refus pour motif médical ni avoir pour effet de retarder sa mise en œuvre. L'entretien préalable doit notamment permettre d'examiner les conditions de mise en œuvre du TPT ainsi que l'organisation du travail et les éventuelles adaptations nécessaires. Le TPT demeure un dispositif essentiel de prévention, de santé au travail et de maintien dans l'emploi. Dès lors, le délai d'instruction ne doit pas faire obstacle à la reprise de l'activité ou à sa poursuite dans des conditions adaptées à l'état de santé de l'agent. Il importe de garantir une décision dans des délais compatibles avec les impératifs médicaux, tout en assurant la continuité du parcours professionnel de l'agent.

Pour la CFDT, protéger la santé des agents et favoriser leur maintien en emploi doit rester la priorité.